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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展现出普遍的生物制品特异性，包扩抗癌症和抗病性毒的功效。一般而言，三萜是利用甲羟戊酸方式炼制的，并从先天苔藓植物和真菌孢子中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊出了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研职称论文。该钻研发现三萜类无机化合物虫草粉酸（GA）是经由固态培养出来的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物制品学转化率出现的。用转录组和血清酶质组学工艺进一个步骤挑战无柄虫草菌丝体中DHT出现二者虫草酸（GA）的策略，并随着多个学工艺检查到的差别的基因遗传和差别的血清酶，猜测DHT 生物制品学组成 GA 的条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和性能细分

经过对无柄虫草真菌感染菌丝体进行转录组测序共实现67230个转录本和14296个单DNA遗传。在这么多单DNA遗传中，49俩个被认定为一定的差异理解DNA遗传（DEGs），在这当中213个理解上涨，279个理解变动（图1A）。GO聚集剖析后，DEGs主要包括生物制品历程（BP）、受损体细胞的成分（CC）和碳原子功能性（MF）3类。在BP类型中，会出现了前三子类型：抗菌素工业制硝酸新陈消化吸收转化转化历程，冰醋酸盐新陈消化吸收转化转化历程和甲酸盐新陈消化吸收转化转化历程;而在CC类型中，受损体细胞外区、突触塑料体、突触设备构造是前三亚类。而对于MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）灵亲水性氧、被氧化抹除酶灵亲水性氧和酸氨（或酰胺）链接酶灵亲水性氧是前三亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG网络信号径路剖析中，前30条聚集度最高的的网络信号径路含有27条包括新陈消化吸收转化转化，在这当中二氧化氮新陈消化吸收转化转化、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈消化吸收转化转化、丙酸盐新陈消化吸收转化转化网络信号网络信号径路为显著聚集（图1D）。

图1|转录类物质析和基本功能区分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

依据对无柄灵芝粉病菌菌丝体完成核高蛋清组学通过具体定量剖析，至少敲定了16,457种对比具体定量剖析化的肽、2606种核高蛋清和2588种按量核高蛋清。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求具体条件下，在此2606种核高蛋清中，94种被检测为对比具体定量剖析传达核蛋清（DEPs），在这表中52种上涨，42种上涨（图2A），图2C凸显了对比具体定量剖析传达核蛋清的聚类算法通过具体定量剖析热图。从GO通过具体定量剖析来看看，BP专业类别凸显，多半数DEPs操作冰醋酸盐新陈排泄环节、抗菌药降解新陈排泄环节和类药降解新陈排泄环节。CC类DEPs在癌細胞外区、过防氧化的物酶体和微体中覆盖率高，防氧化的保存酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的比例怎么算高（图2B）。与转录组最后同类，KEGG的信号信号通路通过具体定量剖析凸显，多个DEPs在新陈排泄中丰度，在这表中3条最丰度的渠道是光合海洋微生物中的碳固定不动、碳新陈排泄和MAPK的信号的信号信号通路（图2D）。然而，依据通过具体定量剖析GO参数库的CC对DEPs完成亚癌細胞导航定位通过具体定量剖析和注脚（图2E），DEPs包括分布区在癌細胞质（40.66%）、癌細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论体系上是GAs海洋微生物合成图片的包括定位。

图2|营养物质质组的定量概述概述和系统验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物导出和對照组得票数DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个距离表达方法出什么是DNA（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs去聚类算法定量浅析，发掘mRNA和蛋清质彼此有1几个调整什么是DNA和几个降低什么是DNA，DEGs和她的翻译英语的DEPs表达方法出情况呈正对应的的，立于Pearson的对应的的常数定量浅析，在转录组和蛋清质组彼此检侧到相对比较较高的对应的的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查测数据凸显，E组和C组115个DEGs的表答层次的差异重要，之中9个为调涨DEGs，两个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答趋势分析与转录成分析数据相符。

图3|球脂肪酸组的按量分析一下和的功能证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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